Το 1989 ο σύλλογος κάνει το μεγάλο άλμα στην Α’ κατηγορία. Η Χρυσούπολη έφτασε να διεκδικεί την άνοδο στη Δ’ Εθνική ενώ το 1992 αποκλείστηκε στους ημιτελικούς του Κυπέλλου ΕΠΣΑ από τους Ερασιτέχνες του Παναθηναϊκού που τελικά κατέκτησαν το Κύπελλο. Αργότερα η ομάδα παρουσίασε πτώση, πέτυχε μόνο το 1999, το 2004 και το 2011 την άνοδο από τη Γ’ στη Β’ κατηγορία ΕΠΣΑ.

To 2022 η ομάδα επανέρχεται δυναμικά με ένα πολύ δυνατό team από αξιόλογα και γεμάτα πάθος μέλη και πετυχαίνει μια καταπληκτηκή πορεία και άνοδο της μεγάλης ομάδας στην Β’ ΕΠΣΑ καθώς και την δημουργία μιας γεμάτη υποσχέσεις ακαδημία, με σκοπό να πρωταγωνιστούν τα νέα παιδιά.

Σήμερα, η ομάδα αγωνίζεται στην Β ΕΠΣΑ.